De leden van de Raad van Bestuur worden door de Vlaamse regering benoemd. De duur van het mandaat van de bestuurders bedraagt vijf jaar, behalve voor de gedelegeerd bestuurder voor wie de duur is gekoppeld aan het uitoefenen van het mandaat als leidend ambtenaar. Op 1 mei 2009 was de Raad als volgt samengesteld:
Voorzitter: Albert Absillis, schepen Vilvoorde
Ondervoorzitter: Koen Anciaux, schepen Mechelen
Andere stemgerechtigde bestuurders:
- Johan Beke, bedrijfsleider
- Leo Clinckers, gedelegeerd bestuurder W&Z
- Veerle Deconinck, gemeenteraadslid Waregem
- Marleen Evenepoel, administrateur-generaal Agentschap Natuur en Bos
- Guy Huybrechts, managing director Lamb Weston/Meijer
- Cathy Macharis, hoogleraar
- Leo Peeters, burgemeester Kapelle-op-den-Bos
- Lisette Ter Wee, zelfstandige
- Jaak Tielens, administrateur-generaal NV De Scheepvaart
- Albert Vanhoof, inspecteur-generaal Financiën
- Vital Vermijlen, gemeenteraadslid Bornem
Niet-stemgerechtigde bestuurders:
- Richard De Winter, algemeen secretaris ACOD
- Erik Portugaels, raadgever van de voorzitter, gedelegeerd bestuurder NV De Scheepvaart
- Eric Van den Eede, algemeen directeur W&Z
- Ann Vermorgen, secretaris CCOD
- Frans Visser, secretaris VZW Waterwegen en Zeekanaal
Secretaris: Leo Clinckers, gedelegeerd bestuurder W&Z
Regeringsafgevaardigde:
Alle besluiten van de organen van de vennootschap zijn onderworpen aan het algemeen administratief toezicht van de Vlaamse regering. Dit toezicht wordt uitgeoefend door bemiddeling van een regeringsafgevaardigde. Bovendien is de vennootschap onderworpen aan de artikelen 2 tot en met 6 van de wet van 16 maart 1954 betreffende de controle op sommige instellingen van openbaar nut.
- Regeringsafgevaardige: ir. Ilse Hoet, afdeling Haven- en Waterbeleid
- Regeringsafgevaardige: Tom Van Laere, diensthoofd Dienst Begrotingszaken
- Plaatsvervangend regeringsafgevaardigde: Greta Bernaers, directeur infrastructuur Havenbedrijf Antwerpen